Museum Karst Indonesia terletak tepat di tengah-tengah Kawasan Karst yaitu di Desa Gebangharjo, Kecamatan Pracimantoro, Kabupaten Wonogiri.
Kawasan Karst Gunung Sewu adalah wilayah karst tropis yang membentang di selatan Pulau Jawa, meliputi sebagian Gunungkidul (Yogyakarta), Wonogiri (Jawa Tengah), dan Pacitan (Jawa Timur).