Terdapat beberapa Goa di sekitar Kawasan Museum Karst Indonesia, diantaranya adalah :
1. Goa Potro Bunder
2. Goa Sodong
3. Goa Tembus
4. Goa Mrico
5. Goa Song Gilap
6. Goa Putri Kencono
Goa Potro Bunder
Merupakan gua kering yang dikenal memiliki nilai spiritual tinggi dan sering dijadikan tempat bertapa, serta memiliki pintu masuk dan keluar yang unik. Goa Potro Bunder juga memiliki keunikan sendiri diantara goa-goa yang lainnya. Disana terdapat lubang goa vertical yang menarik untuk dijadikan spot foto
Goa Sodong
Gua Sodong berada di kompleks Museum Karst Indonesia di Desa Gebangharjo, Kecamatan Pracimantoro, Kabupaten Wonogiri, Provinsi Jawa Tengah. Gua itu mempunyai lorong yang panjang dan terdapat luweng (saluran bawah tanah) di dalamnya. Gua Sodong terletak sekitar seratus meter di sebelah selatan Museum Karst. Sebuah sungai kecil mengalir masuk ke dalam gua tersebut. Di saat kemarau, airnya tidak seberapa. Namun ketika musim hujan, air yang masuk menuju mulut gua tersebut bisa meluber hingga pelataran parkir di atasnya.
Goa Tembus
Goa Tembus adalah Goa yang terletak di sebelah barat Museum Karst di Desa Gebangharjo, Kecamatan Pracimantoro ini ditemukan oleh warga sekitar tahun 2011. Museum Karst, letak persisnya berada di bukit yang lebih tinggi sehingga dari goa ini pengunjung bisa melihat pemandangan seputar museum dengan jelas. Panjang Goa Tembus ini sekitar 120 meter – 200 meter dengan lebar bagian tengah goa lebih dari lima meter dan tingginya yang bisa mencapai hingga 7 meter. Goa Tembus ini berbeda dari goa yang lain karena pada Goa Tembus sudah tidak ada lagi tetesan air yang menetes dari atas goa. Hal ini menjadi daya tarik tersendiri
Goa Mrico
Goa Mrico terletak di sisi bukit. Goa tersebut adalah salah satu goa arkeologi di Wonogiri pernah dihuni manusia prasejarah. Goa itu terdapat sisa-sisa makanan berupa cangkang kerang dan biji kemiri yang terletak di dasar goa dan bercampur dengan sedimen goa. Goa ini dapat dijangkau dengan berjalan kaki dari Goa Tembus, yang berjarak sekitar 100 meter.
Goa Song Gilap
Gua Son Gilap berada di Kecamatan Pracimantoro, Kabupaten Wonogiri. Gua ini memiliki struktur yang menjorok ke dalam tanah, jadi, pengunjung harus turun ke bawah untuk masuk ke dalam gua. Di dalam Gua Son Gilap banyak terdapat stalaktit dan stalagmit, di gua ini juga banyak ditemukan tulang belulang dan peralatan manusia purba. Oleh karena itu, gua ini menjadi salah satu bukti bahwa manusia purba pernah hidup dan menetap di Wonogiri.
Goa Putri Kencono
sebuah permata tersembunyi yang terletak di lereng selatan Gunung Gandok, sekitar 5,5 km dari barat daya Kecamatan Pracimantoro, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah, ditemukan oleh Bapak Wasino dan rekan-rekannya. Keindahan alami goa ini memukau dengan stalaktit dan stalagmit yang membentuk berbagai pola indah. Namun, yang membuat Goa Putri Kencana benar-benar istimewa adalah misteri yang menyelimutinya, yang tidak dimiliki oleh tempat wisata lain. Goa ini menyimpan banyak rahasia, termasuk air suci di bagian terdalamnya. Konon, siapa pun yang dapat mengambil dan membasuh muka dengan air ini akan awet muda. Khususnya bagi wanita yang kesulitan menemukan jodoh, air suci ini diyakini bisa mempercepat pertemuan dengan pasangan hidup, serta menyembuhkan penyakit tertentu. Selain itu, dalam goa ini juga terdapat benda-benda pusaka yang diyakini memiliki kekuatan mistis, yang hanya bisa diperoleh melalui laku tirakat.